解決法

System Prefarences>Workspaceで
Reset Workspaceボタンを押す

半日かけてやっていたことがボタン一つで解決するなんて
すぐには理解できない。

Chris Fullmerさんてbetaテスターしてませんでしたっけ
公式にでずに、なんかSCFの記事で助けられることの方が多いですね。

components window, materials, entity info, etc.のリセットで
ツールバーには役立たないと言ってますのでツールアイコンには直接関係ないのでしょうけど
resetが掛かって僕のGMLが復活したことだけは間違いないので、ダメ元で
押す価値はあると思います。
ツールアイコンそろいやすくなったことも確かなことですしね。

ps
xp32にも7.1インストールしました、こちらではGML問題なかったです
秋天越さんから教えていただいたアイコンbmpからpngへの改変はいたしました。
vista64特有の問題だったようです。

後、Twilightの最新版はvista64ではセキュリティの問題からか
demo版仕様でしか使えません、近くメンテナンス版でると思いますが、
もしvista64で製品版のTR使う方いらしたら、一つ前の1.0.6をインストしてくださいね。